L' église Saint-Michel-Archange, ou église de la Garnison, est une église de style néo-byzantin à cinq coupoles située à Kaunas. Elle fut construite par l'architecte Constantin Lymarenko entre 1891 et 1895 pour la garnison russe et la communauté russe orthodoxe de Kovno (nom que portait alors Kaunas, quand la Lituanie appartenant à l'Empire russe), jusqu'en 1915, lorsque le pays est occupé par l'armée de l'Empire allemand. Elle est alors vouée au patronage de saints Pierre et Paul. Elle peut contenir 2 000 personnes. Le financement de l'église fut assuré par le ministère de la guerre, et pour moitié (fait rare) par des donations privées des militaires. L'église est fermée entre 1915 et 1919, pendant l'occupation allemande. Les Allemands emportent les cloches, lorsqu'ils quittent la ville et la garnison devient lituanienne. L'église russe est donnée à l'Église catholique et conserve son statut d'église de garnison, cette fois-ci lituanienne sous le nom de Saint-Michel-Archange, patron des soldats.
Kaunas devient après la guerre civile polono-lituanienne la capitale de la nouvelle république lituanienne. Après la Seconde Guerre mondiale, les nouvelles autorités municipales de la république socialiste soviétique de Lituanie transforment l'église en salle d'exposition de tableaux.
Depuis l'indépendance, cette église a été transférée à la communauté catholique et est devenue église paroissiale.